La segunda temporada se inspiró también en historias reales. Su trama evocó el asesinato de Víctor Jara, el crimen de los hermanos Vergara Toledo, la muerte del sacerdote André Jarlan, la venganza de la CNI tras el atentado a Pinochet, la “Operación Albania” y la búsqueda de justicia de dos jueces que desafiaron al régimen militar, entre otros casos. Como antagonista emergió el implacable jefe operativo de la CNI, Álvaro Corbalán, y la dictadura lanzó una fuerte ofensiva legal para poner en jaque la existencia de la propia Vicaría.